Jannik Schroeder erhielt seinen ersten Orgelunterricht in Aachen bei Klaus-C. van den Kerkhoff. Seit 2014 studiert er Kirchenmusik an der Hochschule für Musik und Tanz in Köln (Bachelor-Abschluss im Sommer 2018, seitdem im Master). Dort gehören der Kölner Domorganist Winfried Bönig, sowie Johannes Geffert und Wolfgang Abendroth zu seinen Orgellehrern. Zudem besuchte Schroeder Meisterkurse bei namhaften Organisten, wie Daniel Roth (Paris), Holger Gehring (Dresden) und Jan Ernst (Schwerin).
Konzerte führten ihn bereits durch weite Teile Deutschlands, in die Niederlande, nach Frankreich, sowie nach Chile. 2019 gewann er beim Internationalen Orgelwettbewerb in der Historischen Stadthalle in Wuppertal und beim Internationalen Rheinberger-Wettbewerb in Liechtenstein jeweils den zweiten Preis. Darüber hinaus war er im Fach Orgel Finalist des Felix-Mendelssohn-Bartholdy-Wettbewerbs in Berlin.
Eine rege Aktivität als Chorleiter, Continuospieler und Korrepetitor runden seine Tätigkeit ab.
Im Februar 2020 wurde er zum Kantor der Auferstehungskirche in Düsseldorf-Oberkassel berufen.