Hans Martin Werner studierte in Düsseldorf Violoncello und Orchesterdirigieren. Danach besuchte er die Chordirigentenklasse von Helmuth Rilling an der Staatlichen Hochschule für Musik in Frankfurt/Main und legte 1981 die Künstleri-
sche Reifeprüfung im Dirigieren ab. Ein Jahres-
stipendium des DAAD ermöglichte es ihm, als graduate student und student conductor des Universitäts-Kammerchores an die California State University in Fullerton zu gehen.
Von 1982 bis 1987 lebte er in Ann Arbor, Michigan, und war als Chordirektor einer großen Kantorei und des Arts Chorale der University of Michigan tätig. 1985 promovierte er im künstlerischen Fach Dirigieren (Doctor of Musical Art).
Seit der erfolgreichen Teilnahme an der National Whistlers Convention in North Carolina im Jahr 1986 (1. Preis in der klassischen Kategorie) betreibt Hans Martin Werner das Pfeifen professionell und konzertiert in geradezu jedem erdenklichen Rahmen, so zum Beispiel in Kirchen, Kathedralen, Konzertsälen, bei Universitätsver-
anstaltungen, Festivals und privaten Festen. Außerdem ist er häufig im Radio und Fernsehen und auch auf dem Fünf-Sterne-Kreuzfahrtschiff MS Europa aufgetreten.
Seit 1990 wirkt Hans Martin Werner als Chor- und Orchesterdirigent in den USA, und zwar im Bereich der Kirchenmusik, in Konzerten und im akademischen Rahmen. Seit 1997 ist er künstlerischer Leiter des von ihm gegründeten Bach-Chores in Grand Rapids, Michigan. Im Februar 2012 trat er bereits mit großem Erfolg in der Düsseldorfer Tonhalle auf.